W historię szkoły jako pierwszy wpisał sie sztandar szczepu ZHP Kwilcz, składającego się z czterech drużyn: zuchowej „Skrzydlate Bractwo”, żeńskiej im. Elizy Orzeszkowej, męskiej im. Karola Świerczewskiego i drużyny działającej przy Szkole Przysposobienia Rolniczego, który przez prawie 30 lat pełnił rolę sztandaru szkoły. Od 1966 r. harcerze zbierali pieniądze ze sprzedaży runa leśnego i materiałów wtórnych na sztandar, który został ostatecznie ufundowany dzięki wsparciu lokalnych zakładów pracy i Hufca Międzychód. Wręczenie nastąpiło 9 czerwca 1968 r., podczas uroczystości otwarcia boiska przy miejscowej szkole. Kierownik szkoły Florian Mazurkiewicz jako przewodniczący Społecznego Komitetu Budowy Stadionu Przyszkolnego, przedstawił okoliczności powstania inwestycji, którą w tym dniu oficjalnie oddano do użytku lokalnej społeczności oraz opowiedział o aktywnej działalności kwileckich druhów. Udział w uroczystości wzięły drużyny harcerskie z całego powiatu, wchodzące w skład Hufca ZHP Międzychód. Sztandar został wykonany w pracowni artystycznej Zofii Kledzik w Poznaniu. Odebrał go i przywiózł Antoni Nowakowski przedstawiciela Koła Przyjaciół Harcerzy z Kwilcza (zawiadowca stacji kolejowej w Kwilczu i prezes KG ZSL). Wręczenia sztandaru dokonali: I sekretarz KP PZPR Jerzy Zasada i zastępca komendanta Wielkopolskiej Chorągwi ZHP hm Wacław Sokołowski. W imieniu harcerzy sztandar przyjął drużynowy hm Eligiusz Lehmann i przyboczny dh Zbigniew Spychała. Pierwszy poczet tworzyli: chorąży Andrzej Świstak w asyście Krystyny Cichosz i Małgorzaty Markowskiej. Wśród zaproszonych gości byli również: przewodniczący Gromadzkiej Rady Narodowej Józef Sosiński, sekretarz PZPR Gromady Kwilcz Walenty Wyrwał, przewodniczący kwileckiego koła ZBoWiD Stanisław Ciepliński i przedstawiciel LWP. Awers sztandaru jest w kolorze czerwonym, na którym znajduje się srebrny orzeł bez korony. Na rewersie koloru zielonego umieszczono krzyż harcerski wokół którego znajduje się napis: ZWIĄZEK HARCERSTWA POLSKIEGO SZCZEP HARCERSKI PRZY SZKOLE PODSTAWOWEJ im. T. KOŚCIUSZKI w KWILCZU. Sztandar ma kształt prostokąta o wymiarach 100x95 cm, obszyty jest srebrnymi frędzlami, drzewce o wysokości 280 cm zwieńczone jest okuciem z metalowym złotym orłem, a dolna część zakończona jest metalowym trzewikiem. Sztandar służył szkole przez 27 lat.

Inicjatywa ufundowania sztandaru Szkoły Podstawowej im. Tadeusza Kościuszki w Kwilczu pojawiła się za kadencji dyr. Zbigniewa Spychały. Okazją do nadania szkole sztandaru były obchody jubileuszu 50. rocznicy wznowienia nauki po II wojnie światowej. Komitet organizacyjny Fundacji Sztandaru działał w 6-osobowym składzie, tj.: przewodniczący – Romuald Dąbkowski (przewodniczący Rady Gminy Kwilcz), zastępca – Ryszard Paluszak (dyrektor szkoły), sekretarz – Urszula Krzyżaniak (przewodnicząca Komitetu Rodzicielskiego), skarbnik – Danuta Klawe (skarbnik Komitetu Rodzicielskiego), członkowie – Franciszek Gos (przewodniczący Rady Szkoły) i Anna Kucz (opiekun Samorządu Uczniowskiego). W celu pozyskania środków finansowych podjęto następujące akcje: aukcja prac uczniów wykonanych pod kierunkiem nauczyciela plastyki Ireny Wawrzyniak, sprzedaż cegiełek wykonanych przez Urszulę Krzyżaniak; komputer i papier nieodpłatnie udostępnili Czesław i Stanisław Jenkowie (Firma Ściskpol), podczas zabawy tanecznej odbyła się loteria fantowa, walc kotylionowo-czekoladowy i aukcja prac dzieci przygotowana dzięki Annie Klapczyńskiej, Krystynie i Ryszardowi Paluszakom, Irenie Wawrzyniak i Elżbiecie Horodeckiej, pod egidą Spółdzielni Uczniowskiej i jej opiekunki Krystyny Jańczak odbyła się zbiórka butelek, którą w Kurnatowicach przeprowadzono pod kierunkiem Haliny Koniecznej, dobrowolne wpłaty na konto Fundacji Sztandaru, wśród których najwyższą sumę przekazali pracownicy oświaty Szkoły Podstawowej w Kwilczu.

Oficjalne przekazanie sztandaru społeczności szkolnej nastąpiło 24 marca 1995 r. podczas Dnia Patrona połączonego z jubileuszem 50-lecia rozpoczęcia nauki w kwileckiej szkole po II wojnie światowej. Wśród zaproszonych gości byli m.in.: przewodniczący Rady Gminy Kwilcz Romuald Dąbkowski, wójt Zbigniew Harbul i wizytator Kuratorium Oświaty w Poznaniu Maria Najderek. Ten dzień miał wyjątkową oprawę artystyczną. Podczas uroczystości przewodniczący Fundacji Sztandaru Romuald Dąbkowski, w asyście jej członków przekazał sztandar na ręce dyr. Ryszarda Paluszka. Delegacje uczniów z wszystkich klas złożyły uroczyste ślubowanie na nowy sztandar. Pierwszy w historii szkoły poczet sztandarowy tworzyli uczniowie klasy ósmej: chorąży Michał Lehmann w asyście Agnieszki Piechowiak i Mariony Woszczyło. Sztandar zaprojektowany przez Urszulę Krzyżaniak, wykonała Pracownia HATF ART Rynkowscy Poznań. Awers sztandaru jest w barwach narodowych czyli kolorze biało-czerwonym, na którym znajduje się czerwono-biały napis: „Uczmy się, chciejmy tylko, – a będziemy wolnymi” i złoty podpis: „T. Kościuszko w Szkole Rycerskiej”. Na rewersie koloru niebieskiego umieszczono portret patrona oraz daty 1945 i 1995, wokół których znajduje się napis: „SZKOŁA PODSTAWOWA im. Tadeusza Kościuszki W KWILCZU”. U dołu umieszczono również herb gminy Kwilcz. Sztandar ma kształt prostokąta o wymiarach 95x90 cm, obszyty jest srebrnymi frędzlami, drzewce o wysokości 260 cm zwieńczone jest okuciem z metalowym srebrnym orłem, a dolna część zakończona jest metalowym trzewikiem. Na drzewcach umieszczono 14 gwoździ upamiętniających fundatorów o następującej treści: Urząd Gminy Kwilcz, Zarząd Gminy Kwilcz, Pracownicy oświaty SP Kwilcz, Komitet Rodzicielski i uczniowie SP Kwilcz, PKPS Kwilcz, INTER KOMET Kwilcz, BS Kwilcz, Koło Łowieckie „Słonka” Kwilcz, Czesław Bondyra Kwilcz, Leonard Szymański Poznań, Tamara Prętka Kwilcz, L. K. Sitek, Kombatanci Kwilcz i JUKA Kwilcz. Sztandar służył Szkole Podstawowej i Zespołowi Szkół w Kwilczu przez 22 lata, niestety ze względów technicznych niemożliwa była jego renowacja.